การจัดการศึกษาตามประเพณีของไทยภาคใต้ก่อนสมัยรัชกาลที่ 5 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เป็นเครื่องบ่งชี้โลกทรรศน์ชาวใต้แต่โบราณที่ให้ความสำคัญกับการศึกษา โดยถือเป็นประเพณีสำหรับบิดามารดาโดยทั่วไปว่า เมื่อบุตรมีอายุเข้าวัยเรียน จะต้องนำบุตรไปฝากตัวเป็นศิษย์วัด บรรพชาเป็นสามเณรหรืออุปสมบทเป็นพระภิกษุ ณ วัดใดวัดหนึ่ง ซึ่งเปรียบเสมือนสำนัก “ตักศิลา” ด้วยหวังจะให้บุตรได้ศึกษาเล่าเรียนวิชาหนังสือหลักธรรมในพระศาสนา วิชาเลข งานช่างฝีมือ และคาถาอาคมต่างๆ
การจัดการศึกษาในช่วงต้นรัชกาลที่ 5 - ก่อน พ.ศ.2441 ภาคใต้ในช่วงต้นรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ก่อน พ.ศ. 2441) ยังคงเป็นการจัดการศึกษาตามประเพณี ไม่มีหน่วยราชการรับผิดชอบ เริ่มมีกรมศึกษาธิการ เป็นหน่วยงานรับผิดชอบครั้งแรกในปี พ.ศ.2430 และได้ ยกฐานะ ขึ้นเป็นกระทรวงธรรมการในปี พ.ศ.2435
ในภาคใต้โรงเรียนที่ได้จัดตั้งขึ้นก่อนปี พ.ศ. 2441 ซึ่งเป็นปีแรกที่ได้เริ่มมี โครงแผนการศึกษาชาติมีเพียง 4 โรง เท่านั้น คือ โรงเรียนมหาวชิราวุธวิทยา, โรงเรียนวิทยาภิพัฒนาไลย, โรงเรียนวัดมงคลนิมิตร และโรงเรียนวัดสุวรรณนิมิตร
การฝึกหัดครูและมหาวิทยาลัย
การฝึกหัดครู ในปีพ.ศ. 2448 พระรัตนรัชมุนีศรีธรรมราช (ม่วง รตนธโร) ได้ตั้งโรงเรียนฝึกหัดครูขึ้นครั้งแรก ณ วัดท่าโพธิ์วรวิหาร จังหวัดนครศรีธรรมราช โดยอาศัยกุฎิ ในวัดท่าโพธิ์ฯเป็นสถานที่เรียนชั่วคราว มีนายดุงและนายเสาร์ เป็นครู รุ่นแรก จนกระทั่งปี พ.ศ. 2504 มีจังหวัดต่าง ๆ ในภาคใต้ที่เคยจัดการศึกษาด้าน ฝึกหัดครูรวม 9 จังหวัด ได้แก่จังหวัดนครศรีธรรมราช ภูเก็ต ปัตตานี สงขลา สุราษฎร์ธานี ยะลา สตูล นราธิวาส และตรัง มีหลักสูตรฝึกหัดครูสาย สามัญและ หลักสูตรครูสายอาชีพ
มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
สงขลานครินทร์ คือ มหาวิทยาลัยแห่งแรกของภาคใต้ เริ่มคิดจัดตั้งสมัย จอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ เป็นนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2504 และได้ตั้ง พ.อ. ถนัด คอมันตร์ เป็นประธานจัดสร้างเมื่อ พ.ศ. 2505 เริ่มก่อสร้างปี พ.ศ. 2508 ณ ตำบลรูสะมิแล อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี และได้เปิดทำการสอนในระดับปริญญาตรีเมื่อปี พ.ศ. 2511
ชาวไทยมุสลิมในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ถือว่าการศึกษาทางด้านศาสนาอิสลามเปรียบเสมือนการศึกษาภาคบังคับสำหรับมุสลิมทุกคน และถือว่าเป็นหน้าที่ของบิดามารดา และผู้มีความรู้ทุกคนต้องสอนผู้ไม่รู้เนื้อหาวิชาที่สอนมีบทบัญญัติในคัมภีร์กุรอาน คำพูดแนวปฏิบัติของพระศาสดา และคำวินิจฉัยของปราชญ์มุสลิม ซึ่งไม่แย้งกับหลักการในพระคัมภีร์และคำสอนของพระมะหะหมัด และขนบธรรมเนียมและประเพณีต่าง ๆ ของท้องถิ่น